Cystersi na dobre zagospodarowali się w Mogile. Uporządkowali rozlewiska Wisły, osuszyli ziemię i zamienili ja na uprawne pola, uregulowali wody Dłubni i wykorzystali je do uruchomienia młynów zbożowych i foluszy, założyli stawy rybne. Sprowadzali nowe gatunki drzew, warzyw, ziół i kwiatów, na łąkach wypasali bydło; od nich okoliczni mieszkańcy uczyli się gospodarki agrarnej i nowinek przyniesionych z zachodu. Tak biali mnisi (obok modlitwy) przez pracę ręczną chwalili Boga i służyli bliźnim.

XIV-wieczne krużganki klasztorne (fundowane przez króla Kazimierza Wielkiego) są kwadratowym korytarzem łączącym różne pomieszczenia w klasztorze. Wewnętrzny dziedziniec to wirydarz. Tu znajdowała się studnia, służąca mnichom i gościom do obmycia przed posiłkiem w refektarzu. W 1533 roku, za opata Marcina Białobrzeskiego, ściany wirydarza wzmocniono przyporami (datacja zachowana na cegle), ale już w 1649 roku czytamy w klasztornych zapiskach o złym stanie tychże przypór. W zapisku z 1848 roku czytamy, iż trawnik był tu podzielony po przekątnej na cztery części (jak to jest obecnie). Do niedawna ściany porośnięte były winoroślą (winobluszczem). Obecnie, po konserwacji w 2005 roku, dziedziniec porasta trawa, żywopłot z bukszpanu, a środek zajmuje okazały świerk kłujący; na ścianach zaznaczono ślady dawnych okien gotyckich.

W 1475 roku opat Marcin Matyspasek opasał klasztor murem i wzmocnił basztami. Restaurację i fortyfikację klasztoru (otoczenie wałem na kształt szańców, postawienie bramy, przekomponowanie ogrodu w stylu włoskim, założenie stawów rybnych) przeprowadził w XVI w. opat Wawrzyniec Goślicki. W 1587 roku w klasztorze wraz ze swym wojskiem obozował arcyksiążę austriacki Maksymilian Habsburg. Zachowany sztych w zbiorach Biblioteki Jagiellońskiej w Krakowie daje nam obraz klasztoru i jego fortyfikacji tego okresu. Po dziś dzień zachowana baszta we wschodniej części muru klasztornego pochodzi z XVII w. W latach 1656/57 klasztor mogilski, łupiony przez Szwedów, zostaje zajęty i spalony przez generała Wirtza, by potem przejść pod okupację austriacką.

Mapa z 1829 roku przedstawia ogród klasztorny składający się z ośmiu kwater od północy kościoła, obsadzonych drzewami, oraz z podobnej kwatery od wschodu. W południowej części założenia klasztornego znajdują się dwa ogródki pod opactwem (opatówka), oddzielone od siebie bramą wjazdową gospodarczą i murem. Po drugiej stronie drogi od południa jest ogród warzywny folwarczny. Wzdłuż zachodniej granicy opactwa płynie Młynówka, przecinająca podwórze gospodarcze i skręcająca na południowy-wschód. Poza murem opactwa znajduje się zespół ośmiu dużych i małych stawów.

W 1874 roku w ogrodzie warzywnym północnym pod murem (frontem na południe) stała murowana oranżeria z oszkloną południową ścianą w pięciu kwaterach. Była też altana zbudowana z drzewa i desek, a obok altany furtka w murze prowadząca ku stawom.

W XV-XVI w. na terenach klasztornych działała huta miedzi. W okolicy Dłubni założono browar i papiernię działającą od roku 1500 do XVII w. (od 1560 r. była własnością klasztoru). W 1708 roku wielki pożar zniszczył część kościoła i klasztoru, a także zabudowania gospodarcze: stajnie, wozownię, piekarnię, łaźnię, dom gości, młyn zbożowy, folusz – niektóre z nich już nigdy nie zostały odbudowane. Z dokumentów archiwalnych dowiadujemy się również, że swego czasu na terenie klasztoru działał browar i karczma, a w ogrodzie klasztornym cystersi (jeszcze w XX w.) mieli pasiekę.Postanowienie ówczesnych władz komunistycznych Polski z 20 III 1950 r., o przejęciu przez państwo dóbr „martwej ręki”, dotknęło także klasztor mogilski. Pierwsze bloki mieszkalne Nowej Huty powstały na polach klasztornych. Na suchych stawach powstaje kompleks zabudowań Klubu Sportowego Hutnik.

o. Krzysztof Jankosz OCist